Chaque année, selon l’Organisation mondiale de la santé, environ 1,7 milliard de cas de maladie gastro-intestinale (GI) entraînent environ 750 000 décès chez les enfants de moins de cinq ans. Les maladies gastro-intestinales résultent d’une infection bactérienne (par exemple, Clostridium difficile, E. coli, Shigella), de virus (par exemple, norovirus, rotavirus) ou de parasites (Cryptosporidium, Giardia, par exemple) qui sont souvent dues à des aliments / eau contaminés et pauvres. assainissement.
Historiquement, le diagnostic en laboratoire des infections gastro-intestinales reposait sur une combinaison de techniques conventionnelles, y compris la microscopie, la culture, la détection d’antigènes et les tests individuels de réaction en chaîne de la polymérase en temps réel (rtPCR). Bien que ces méthodes aient donné de bons résultats, elles prennent beaucoup de temps, car les bactéries peuvent prendre de trois à cinq jours pour se développer et elles ont besoin de technologues de santé qualifiés pour effectuer les tests et interpréter les résultats.
Récemment, plusieurs dosages moléculaires multiplex ont été développés pour la détection de pathogènes gastro-intestinaux directement à partir d’échantillons cliniques de selles. Ces panneaux permettent de détecter et d’identifier jusqu’à 20 pathogènes en une heure seulement. Une revue récente publiée dans le Journal of Clinical Microbiology se concentre sur les panels moléculaires multiplex approuvés par la FDA pour le diagnostic des maladies diarrhéiques et souligne les problèmes liés à la performance des tests, l’interprétation des résultats et la rentabilité de ces outils de diagnostic moléculaire.
Matt Binnicker, Ph.D.
« La microscopie manque de sensibilité et est souvent difficile à interpréter. Plus récemment, des tests conçus pour détecter des antigènes bactériens, viraux ou parasitaires dans des échantillons de selles ont été mis au point, mais il a été démontré que ces tests manquent de sensibilité et de spécificité », explique Matt Binnicker, Ph.D., directeur du laboratoire de virologie clinique. Mayo Clinic à Rochester et auteur de cette revue. « En raison des limites de ces tests conventionnels, il y a eu beaucoup d’intérêt dans les tests moléculaires pour le diagnostic de la diarrhée infectieuse. »
En général, les tests moléculaires se sont avérés aussi sensibles ou, dans de nombreux cas, plus sensibles que les dosages conventionnels comme la culture bactérienne. Des tests moléculaires, tels que le rtPCR, ont été utilisés ces dernières années dans le diagnostic de la diarrhée infectieuse, mais jusqu’à récemment, ils étaient principalement proposés sous forme de tests individuels. Cela signifie qu’un fournisseur devrait commander plusieurs tests si le diagnostic différentiel était assez large.
Au cours des deux ou trois dernières années, des tests moléculaires multiplex sont devenus disponibles dans le commerce, permettant aux laboratoires de tester jusqu’à 20 pathogènes différents (bactéries, virus et parasites) en un seul test.
«Plusieurs des nouveaux tests sont appelés des tests« d’échantillon à réponse », ce qui signifie que le laboratoire doit simplement ajouter l’échantillon clinique au test, cliquer sur« aller », puis les résultats sont disponibles en aussi peu qu’une heure. Ceci est un avantage majeur pour le laboratoire d’essai, car il réduit le temps de travail et le délai d’exécution pour la communication des résultats », a déclaré le Dr Binnicker.
Alors que tous les patients souffrant de diarrhée n’ont pas besoin d’un résultat de test rapide, certains patients, tels que des individus immunodéprimés (par exemple, des receveurs de greffe de moelle osseuse), ont besoin d’un résultat le plus rapidement possible. Le résultat rapide permet aux fournisseurs de soins de santé de prendre des décisions rapides concernant le traitement et également s’il est nécessaire ou non d’isoler le patient pour prévenir la propagation de la maladie à l’hôpital.
Selon les résultats de l’étude, les tests moléculaires multiplex ont détecté plus de pathogènes dans les échantillons de selles par rapport aux tests de routine oestrogène. De plus, les tests multiplex ont permis d’identifier des infections mixtes (celles qui comprennent au moins deux pathogènes dans le même échantillon) dans plus de cas que les tests de routine.
Ces résultats montrent que les tests de routine sous-estiment le nombre et les types de pathogènes infectieux qui causent la diarrhée. Dans certains cas, cela est dû à une sensibilité plus faible du test de routine. Cependant, dans d’autres situations, un test qui a été utilisé pendant des années (par exemple, la culture virale) ne fonctionne pas pour un type particulier d’agent pathogène microbien qui est une cause fréquente de diarrhée infectieuse.
« Un exemple spécifique de ceci est le norovirus et le sapovirus-deux virus pour lesquels nous n’avions pas auparavant de tests spécifiques. Ces deux virus ne se développent pas dans la culture virale, et il n’y avait pas de tests rtPCR individuels ou des tests d’antigène à notre disposition pour les tests de diagnostic. Mais au cours de l’étude, nous avons constaté que 5 à 10% des échantillons de selles étaient positifs pour ces virus. Ceux-ci auraient été manqués par des tests de routine », a déclaré le Dr Binnicker.
Bien que les nouveaux tests multiplex soient bénéfiques pour le diagnostic en laboratoire des infections gastro-intestinales, la façon dont les fournisseurs de soins de santé interpréteront les résultats des tests et la façon dont les résultats influent sur les soins prodigués aux patients posent des défis.
«Les fournisseurs qui commandent ces nouveaux tests multiplex obtiendront des résultats plus« positifs »que par le passé, et une grande question concerne la façon dont ces résultats seront interprétés. Toutes les causes de diarrhée infectieuse ne peuvent pas ou ne devraient pas être traitées « , a déclaré le Dr Binnicker. « En fin de compte, nous devons étudier comment ces résultats influent sur les soins et les résultats des patients. »
Pour plus d’informations sur le panneau pathogène gastro-intestinal de Laboratoires Mayo, PCR, Feces, visitez MayoMedicalLaboratories.com.